Cromatografia în strat subțire diferă de toate celelalte tehnici cromatografice prin faptul că, pe lângă fazele staționare și mobile, este prezentă și o fază gazoasă. Această fază gazoasă poate influența semnificativ rezultatul separării. Eșantioanele sunt separate în componentele lor care rămân în poziția lor pe strat după evaporarea fazei mobile.